按照來源分類抗菌肽可將其分為6類，下面讓我們一起來了解一下吧。
 

　　(1)昆蟲抗菌肽 昆蟲是種群最大的生物種類，抗菌肽的數量難以估量。現在，僅在鱗翅目、雙翅目、鞘翅目和蜻蜓目等8個目的昆蟲中發現超過200多種昆蟲抗菌肽類物質，僅從家蠶這一種昆蟲獲得了40個抗菌肽基因。
 

　　(2)哺乳動物抗菌肽 1989年， 從豬小腸中分離到哺乳動物抗菌肽Cecropin P1。目前，從豬中分離出至少18種，綿羊中至少30種，牛中至少30種抗菌肽。人類機體中發現的防御素屬于抗菌肽中的一個大家族，根據其氨基酸的空間結構和分泌部位的差別又分為三大類:人α-防御素(humandα-defensin)、人β-防御素(human β-defensin， HβD)、人θ-防御素(humanθ-defensin)[5]，現已發現人防御素達35種以上，其中非常重要的防御素有10種。
 

　　(3)兩棲動物抗菌肽 兩棲類動物裸露的具多種功能，在皮膚的分泌物中存在的大量皮膚活性肽具有多樣的生物學活性，其中大多數多肽類物質均具有一定的抗微生物活性，在進化上是一類非常古老而有效的天然防御物質，往往歸為抗菌肽。
 

　　在非洲爪蟾中就有十多種抗菌肽，不僅在皮膚顆粒腺表達，也有存在于胃粘膜和小腸道細胞。在非洲爪蟾皮膚中發現的小分子抗菌肽---爪蟾素(magainins)是較早發現的兩棲動物抗菌肽，具有很高的抗菌活性，此后相繼發現了多種蛙類抗菌肽。
 

　　據不*統計，目前已經從無尾兩棲動物8個屬約40多種兩棲類動物的皮膚中提取出了數百種抗菌肽，APD數據庫中就收錄了其中的548種。大量研究發現蛙類抗菌肽具有協同效應，但不同的蛙類抗菌肽很少具有同源性。
 

　　(4)魚類、軟體動物、甲殼類動物來源的抗菌肽 1986年，從豹鰨分離到一種含有35個氨基酸殘基抗菌肽Pardaxin是最早從魚類分離得到的兩親性陽離子α螺旋結構具有穿膜作用的多肽，該肽是離子型神經毒素，由該肽衍生出了一系列具有比蜂毒素抗菌活性更強，溶血活性更低的抗菌活性肽。
 

　　1998年， 報道了鯰(Parasilurus asotus)受傷時上皮粘膜細胞層分泌一種19個氨基酸殘基的組蛋白H2A抗菌肽parasinⅠ，具有廣譜強抗菌活性，其抗菌活性是蛙皮素mainin 2的12~100倍。目前，從魚類分離得到49種以上抗菌肽。防御素是貽貝等海洋軟體動物的重要抗微生物肽，迄今發現的貽貝防御素根據其初級結構、性質和共有的半胱氨酸序列分為Defensin、mytilin和myticin 3種。蝦經細菌感染后可誘導多種基因表達，其中含有多種抗菌肽基因。自1997年報道甲殼動物抗菌肽氨基酸全序列以來，從甲殼類動物如對蝦血細胞中分離出多種抗菌肽。
 

　　(5)植物抗菌肽 植物中也存在一些結構上與昆蟲、哺乳動物防御素結構相似的植物抗菌肽，稱為植物防御素。大多數植物抗菌肽對植物病原具有良好活性，部分植物抗菌肽對革蘭氏陽性菌、陰性菌、真菌、酵母及哺乳動物細胞均有毒性。Thi-onins是最早從植物中分離的抗菌肽。
 

　　(6)細菌抗菌肽 細菌抗菌肽又稱細菌素(bacteriocin)，包括陽離子肽和中性肽，革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌均可分泌。細菌中已發現的抗菌肽有桿菌肽(Bacitracin)、短桿菌肽S(Gramicidin S)和乳鏈菌肽(Nisin)4種類型。
 

　　目前，APD數據庫中就收錄的細菌素有119種，其中乳酸鏈球菌肽nisin是由乳球菌產生的含3~4個氨基酸殘基的短肽，它是一種耐酸性物質，即使在胃這樣低pH環境中穩定性也很高，能抑制革蘭氏陽性菌如梭狀芽孢桿菌和李氏桿菌。Bacillus spp.產生的桿菌肽mersacidin對"超級耐藥菌"---耐甲氧西林葡萄球菌(MRSA)具有良好的抑制作用，通過腹腔給藥可以清除MRSA感染小鼠血液、肺、肝、腎、脾等臟器中的細菌，并且對小鼠各器官沒有造成明顯的損害。