熒光標記多肽技術指利用一些能發射熒光的物質共價結合或物理吸附在所要研究分子的某個基團上，利用它的熒光特性來提供被研究對象的信息。 熒光，又作“螢光”，是指一種光致發光的冷發光現象。當某種常溫物質經某種波長的入射光(通常是紫外線或X射線)照射，吸收光能后進入激發態，并且立即退激發并發出比入射光的的波長長的出射光(通常波長在可見光波段);而且一旦停止入射光，發光現象也隨之立即消失。
具有這種性質的出射光就被稱之為熒光。在日常生活中，人們通常廣義地把各種微弱的光亮都稱為熒光(多肽熒光標記)，而不去仔細追究和區分其發光原理。
利用熒光染料與被研究對象(蛋白、多肽等)吸附或共價結合后其熒光特性發生改變，從而反映有關研究對象性能的信息。
熒光標記技術：是把熒光基團的共價鍵連接到蛋白、核酸等能夠識別分子物質上的一種技術。這種技術通過了熒光的信號物質的特定基團，與識別分子物質的特定基團反應，從而完成其標記過程，利用標記物的熒光特性，來提供被檢測對象的信號。熒光標記方法具有如無放射性、操作簡單、高靈敏度和較好選擇性等優點。
熒光標記物種類多、標記方法靈活，可應用于多種生物大分子以及藥物的檢測。
熒光標記試劑分類：在熒光標記的技術中，常用的試劑有羅丹明類和熒光素類等，其它的熒光標記試劑，還有多環芳烴的化合物、芳香雜環的化合物類以及一些稀土元素的螯合物等。
熒光染料標記的多肽用于生物體內生物醫學成像、蛋白結合和定位等的研究。熒光素可以直接和多肽的N端直接相連(異硫氰酸熒光素的連接， 通常在多肽的N端和異硫氰酸熒光素直接插一個氨基乙酸或者β-丙氨酸。)，或者在C端和賴氨酸(或半胱氨酸)的側鏈連接、或者在其它可以連接的位子連接。
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