目前，所有的常規抗生素都出現了相應的抗藥性致病株系，致病菌的抗藥性問題已經日益嚴重地威脅著人們的健康。尋找全新類型的抗生素是解決抗藥性問題的一條有效途徑。
 

　　抗菌肽因為抗菌活性高，抗菌譜廣，種類多，可供選擇的范圍廣，靶菌株不易產生抗性突變等原因，而被認為將會在醫藥工業上有著廣闊的應用前景。
 

　　目前，已有多種多肽抗生素正在進行臨床前的可行性研究，其中magainins已經進入三期臨床試驗階段。一些多肽抗生素在醫藥研究中的進展情況。
 

　　現在大多數臨床試驗是用于局部治療，這種治療應該是安全和有效的，因為一些毒性更強的多肽和脂多肽，如短桿菌肽S已被用于制造皮膚軟膏。
 

　　這些多肽也可用于那些常規抗生素和常規療法無效的地方。利用粉劑的方法治療肺部感染是一個很有前途的發展方向。口服藥物可能會被用于治療腸道感染，nisin正在進行抗螺旋桿菌的臨床試驗。至少有兩個公司正在開發非腸道給藥的治療方法。
 

　　抗菌肽基因工程在農業上的應用，主要是用于轉化農作物培育抗病品種。由于抗菌肽對多種植物病原菌有殺菌活性，將抗茵膚基因導人植物體內表達可望提高其抗病能力。
 

　　抗菌肽基因用于轉化農作物培育抗病品種，如抗馬鈴薯青枯病、煙草抗青枯病及水稻抗白葉枯病等已有良好的開端。
 

　　抗菌肽對正常哺乳動物細胞無不良影響，但對癌細胞株，部分病毒則有明顯殺傷作用。這預示抗菌肽在治療及預防癌癥和抗病毒方面具有良好的應用前景。
 

　　由于某些多肽抗生素對一些植物致病細菌和真菌具有很強的抗性，一些多肽抗生素已經被用于植物抗病基因工程。如Jaynes等將兩個cecropin的類似物基因，Shiva-I基因和SB-37基因轉入煙草，發現Shiva-I的轉基因煙草對青枯病具有一定的抗性，而SB-37的轉基因煙草沒有抗性。
 

　　Huang等的研究表明將cecropin類多肽MB-39基因與大麥、淀粉酶信號肽基因融合后轉入煙草中，所得植株野火病的抗性增強。在國內，黃大年等利用cecropinB基因轉化水稻，得到了一些對水稻細條病具有不同抗性的植株。
 

　　抗菌肽動物轉基因的研究也已經取得了一些進展，比如可以通過基因工程的方法來阻斷一些蟲媒疾病的傳播，Possani等的研究表明，在蚊子體內表達Shiva-3可以抑制瘧疾的傳播，但是在蚊子的轉基因技術方面還存在著一些困難;Durasu1a等通過在長紅獵蟋的共生菌中表達CecropinA明顯減少了其體內錐蟲的數量。
 

　　Reed等將Shiva-Ia轉入小鼠中，轉基因小鼠對布魯氏桿菌的抵抗力顯著增強，這為人工培育抗病飼養動物新品種提供了新思路。此外，抗菌肽在食品防腐，鮮花保鮮和動物飼料添加劑等方面的應用研究也正在進展之中。