多肽修飾過程中，通常采用總體縮合策略、單元構建策略以及天然化學連接。針對修飾過程中肽鏈的縮合與不同的修飾化基團的結構之間相互影響，常采用不同的策略。
1)總體縮合策略
總體縮合策略，是指將已制備的多肽鏈與目標修飾劑催化結合，以避免肽鏈延長過程中所用試劑對修飾劑與肽段連接效率的影響。以糖肽為例，在縮合過程中，先分別合成多肽和寡糖，再將多肽受體與寡糖供體縮合形成N-或O-糖肽。
此策略可避免肽鏈延長過程中酸性去保護條件對O-糖苷鍵的影響。但是直接糖基化肽鏈中的絲氨酸或蘇氨酸還存在著很大的困難，嘗試了在樹脂上的固相糖基化反應，合成采用端基連接烯丙基氨基甲酸酯的乙酰基保護葡萄糖，與樹脂上連有蘇氨酸殘基的三肽發生反應，Pd催化切除后，發現以64%收率回收原料，而產物總收率只有4%。目前此策略主要應用在糖基和天冬酰胺相連的N-鏈接糖肽中。
2)單元構建策略
單元構建策略是指先制備不同修飾基團的單元，再將逐個單元催化耦合。在糖基化修飾過程中，由于氨基酸與糖之間的糖苷鍵在肽鏈延長之前已形成，位點與立體選擇較易控制，目前已成為合成的常用方法，特別適用于固相合成法和合成含有多個糖基的糖肽。
此策略需預先在液相中合成糖基化氨基酸，已研制出葡萄糖、半乳糖、N-乙酰葡萄糖胺、GlcβGlc、Man、擬糖物、核糖等與天冬酰胺相連接的構建單元。
引進微波技術合成Fmoc-L-Asn(GlcAc4)，縮合時間從16～24h縮短至5min(100W，70℃)，極大地方便了N-糖肽的合成。在策略的選擇上，采用Fmoc固相合成策略研究磷酸化血管緊張素Ⅱ的合成，選擇N，N-二乙基-二叔丁氧基亞磷酰胺為磷酸化試劑。
總體磷酸化法選用側鏈羥基未保護的酪氨酸作為固相合成的單體進行肽的合成。磷酸化單體Fmoc-Tyr(PO3But2)-OH為單體進行肽的合成。
采用總體磷酸化法和磷酸化單體法都得到了所需要的磷酸化血管緊張素Ⅱ。采用總體法不但能夠得到磷肽，而且也得到了非磷酸化的多肽，但是磷酸化效率低，產率約為17%，粗品肽較難分離。
而單體法提供了更為直接的合成步驟，合成效率更高，副產物較少，而且產率可達到38%，因此認為合成包含磷酸化酪氨酸的多肽采用磷酸化單體法更好。
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