穿膜肽的(de)種類(lei)繁(fan)多，其(qi)(qi)分類(lei)依據有(you)物(wu)理化學(xue)特性、來源、攝入機制(zhi)、生物(wu)醫(yi)學(xue)應(ying)用等，目前(qian)尚沒有(you)統(tong)一的(de)定(ding)論。根(gen)據其(qi)(qi)物(wu)理化學(xue)特性，穿(chuan)膜(mo)肽(tai)可以(yi)分為三種類(lei)型(xing)(xing)：陽離子(zi)型(xing)(xing)、兩親(qin)型(xing)(xing)和疏水型(xing)(xing)，其(qi)(qi)中以(yi)陽離子(zi)型(xing)(xing)和兩親(qin)型(xing)(xing)穿(chuan)膜(mo)肽(tai)為主，約(yue)占85%，而疏水型(xing)(xing)穿(chuan)膜(mo)肽(tai)僅占15%。

　　1、陽(yang)離子型穿膜肽

　　陽(yang)(yang)離子型穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)肽由富(fu)含(han)精氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)、賴氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)和(he)(he)組氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)的(de)(de)(de)短肽組成，如TAT，Penetratin，Polyarginine，P22N，DPV3和(he)(he)DPV6等。其(qi)中，精氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)含(han)有(you)胍基(ji)，能和(he)(he)細(xi)(xi)胞膜(mo)(mo)(mo)上(shang)帶(dai)(dai)負電荷(he)的(de)(de)(de)磷酸(suan)(suan)基(ji)團以氫鍵連接(jie)，在生理PH值(zhi)條件下介(jie)導穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)肽入膜(mo)(mo)(mo)。寡聚精氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)(從3 R到(dao)12 R)的(de)(de)(de)研究(jiu)表(biao)明，精氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)的(de)(de)(de)數量低為8時才具(ju)有(you)穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)能力(li)，且隨著精氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)數量的(de)(de)(de)增(zeng)加，穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)能力(li)也(ye)逐(zhu)漸(jian)增(zeng)加。而賴氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)雖然和(he)(he)精氨(an)(an)(an)(an)酸(suan)(suan)一樣(yang)帶(dai)(dai)有(you)陽(yang)(yang)離子，但其(qi)不(bu)含(han)胍基(ji)，因此當其(qi)單獨存在時，其(qi)穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)效(xiao)(xiao)率就不(bu)太高 。Futaki等(2001)發現陽(yang)(yang)離子型細(xi)(xi)胞穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)肽至少含(han)有(you)8個帶(dai)(dai)正(zheng)電荷(he)的(de)(de)(de)氨(an)(an)(an)(an)基(ji)酸(suan)(suan)時才能達到(dao)好的(de)(de)(de)穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)效(xiao)(xiao)果。盡管(guan)帶(dai)(dai)正(zheng)電荷(he)的(de)(de)(de)氨(an)(an)(an)(an)基(ji)酸(suan)(suan)殘基(ji)對于(yu)穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)肽穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)至關重要，但其(qi)他氨(an)(an)(an)(an)基(ji)酸(suan)(suan)也(ye)同樣(yang)重要，例如當W14突變成F后，Penetratin的(de)(de)(de)穿(chuan)(chuan)(chuan)膜(mo)(mo)(mo)性就消失(shi)了(le)。

　　有(you)一(yi)(yi)(yi)類特殊的(de)(de)陽離(li)子型(xing)(xing)穿(chuan)膜(mo)肽(tai)為(wei)(wei)核(he)定位信號序列(lie)(nuclear localization sequences，NLSs)，是由(you)一(yi)(yi)(yi)段富含(han)精氨(an)(an)酸(suan)、賴氨(an)(an)酸(suan)和(he)脯(fu)氨(an)(an)酸(suan)的(de)(de)短肽(tai)組(zu)成，能(neng)夠通過核(he)孔復合體而轉運到(dao)細(xi)胞核(he)內。NLSs可以(yi)(yi)進一(yi)(yi)(yi)步分(fen)(fen)為(wei)(wei)單(dan)分(fen)(fen)型(xing)(xing)和(he)雙分(fen)(fen)型(xing)(xing)，分(fen)(fen)別由(you)一(yi)(yi)(yi)簇和(he)兩簇堿(jian)性(xing)氨(an)(an)基酸(suan)組(zu)成，例如來(lai)至猿(yuan)猴病(bing)毒40(SV40)的(de)(de)PKKKRKV為(wei)(wei)單(dan)分(fen)(fen)型(xing)(xing)NLS，而核(he)質蛋白為(wei)(wei)雙分(fen)(fen)型(xing)(xing)NLS，其發(fa)揮穿(chuan)膜(mo)能(neng)力(li)的(de)(de)短序列(lie)為(wei)(wei)KRPAATKKAGQAKKKL。由(you)于大多數(shu)NLSs的(de)(de)電荷數(shu)小于8，所以(yi)(yi)NLSs并不是有(you)效的(de)(de)細(xi)胞穿(chuan)膜(mo)肽(tai)，但當其與疏水性(xing)肽(tai)序列(lie)共價(jia)連接形(xing)成兩親(qin)型(xing)(xing)穿(chuan)膜(mo)肽(tai)時可以(yi)(yi)有(you)效穿(chuan)膜(mo)。

　　2、兩親(qin)型(xing)穿膜肽

　　兩(liang)親(qin)型(xing)穿膜肽由親(qin)水結(jie)構域(yu)和疏水結(jie)構域(yu)構成，分為初級兩(liang)親(qin)型(xing)、次級α-螺旋(xuan)兩(liang)親(qin)型(xing)、β-折疊兩(liang)親(qin)型(xing)和脯(fu)氨酸富(fu)集兩(liang)親(qin)型(xing)共四種 。

　　初(chu)級(ji)兩(liang)(liang)親(qin)型穿膜肽分為(wei)兩(liang)(liang)類，一類由疏(shu)水(shui)(shui)性肽序列(lie)和(he)(he)NLSs共價連(lian)接而成，如(ru)MPG (GLAFLGFLGAAGSTMGAWSQPKKKRKV)和(he)(he)Pep-1 (KETWWETWWTEWSQPKKRKV)，二者(zhe)均以SV40的核定位(wei)信(xin)號PKKKRKV為(wei)基礎(chu)，其中MPG的疏(shu)水(shui)(shui)結構(gou)域(yu)來至于(yu)HIV糖蛋(dan)(dan)白(bai)41的融合序列(lie)(GALFLGFLGAAGSTMG A)，而Pep-1的疏(shu)水(shui)(shui)結構(gou)域(yu)來至于(yu)對膜有高親(qin)和(he)(he)性的色氨酸富集(ji)簇(KETWWET WWTEW)，但二者(zhe)的疏(shu)水(shui)(shui)結構(gou)域(yu)均通過WSQP與核定位(wei)信(xin)號PKKKRKV連(lian)接。另一類初(chu)級(ji)兩(liang)(liang)親(qin)型穿膜肽則從天(tian)然蛋(dan)(dan)白(bai)質中分離獲(huo)得，如(ru)pVEC，ARF(1-22)和(he)(he)BPrPr(1-28)。

　　次級α-螺(luo)旋(xuan)(xuan)兩(liang)親(qin)(qin)型穿膜(mo)(mo)肽(tai)則是(shi)通過(guo)α-螺(luo)旋(xuan)(xuan)與膜(mo)(mo)結(jie)合(he)，其親(qin)(qin)水性氨(an)(an)基酸(suan)(suan)殘(can)(can)基和疏水性氨(an)(an)基酸(suan)(suan)殘(can)(can)基分別位(wei)于螺(luo)旋(xuan)(xuan)結(jie)構的不同表(biao)面，如MAP (KLALKLALK ALKAALKLA)。對于β-折疊(die)(die)兩(liang)親(qin)(qin)型穿膜(mo)(mo)肽(tai)，其形成(cheng)β-折疊(die)(die)片(pian)的能(neng)力(li)(li)對其穿膜(mo)(mo)能(neng)力(li)(li)是(shi)至關(guan)重(zhong)要(yao)的，如在VT5 (DPKGDPKGVTVTVTVTVTGKGDPKPD)的穿膜(mo)(mo)能(neng)力(li)(li)研究過(guo)程中，運用(yong)D-型氨(an)(an)基酸(suan)(suan)突(tu)變產生的類似物(wu)不能(neng)形成(cheng)β-折疊(die)(die)片(pian)，其穿膜(mo)(mo)能(neng)力(li)(li)則變得非常差。在脯氨(an)(an)酸(suan)(suan)富集的兩(liang)親(qin)(qin)型穿膜(mo)(mo)肽(tai)中，當脯氨(an)(an)酸(suan)(suan)在多肽(tai)結(jie)構中非常富集時，其在純(chun)水中極易形成(cheng)聚(ju)脯氨(an)(an)酸(suan)(suan)II (PPII)。PPII為左(zuo)旋(xuan)(xuan)螺(luo)旋(xuan)(xuan)，每圈(quan)含3.0個氨(an)(an)基酸(suan)(suan)殘(can)(can)基，與標準的右旋(xuan)(xuan)α-螺(luo)旋(xuan)(xuan)結(jie)構每圈(quan)3.6個氨(an)(an)基酸(suan)(suan)殘(can)(can)基*相反。脯氨(an)(an)酸(suan)(suan)富集的兩(liang)親(qin)(qin)型穿膜(mo)(mo)肽(tai)有牛抗菌肽(tai)7(Bac7)、合(he)成(cheng)多肽(tai)(PPR)n(其中n可為3、4、5和6)等。

　　3、疏(shu)水型穿膜(mo)肽

　　疏(shu)水型穿(chuan)膜肽(tai)只含有(you)非極性氨(an)基(ji)酸(suan)殘基(ji)，凈電荷量低于(yu)(yu)氨(an)基(ji)酸(suan)序(xu)列(lie)總(zong)電荷量的20%，或者含有(you)穿(chuan)膜至關重要(yao)的疏(shu)水性基(ji)序(xu)或化(hua)學基(ji)團。盡管這類細胞(bao)(bao)穿(chuan)膜肽(tai)常常被(bei)忽視，但它們確實存在，如來源于(yu)(yu)卡波(bo)西式(shi)肉(rou)瘤的成纖維細胞(bao)(bao)生長因子(K-FGF)和成纖維細胞(bao)(bao)生長因子12(F-GF12)。